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O ministério disse no domingo que cerca de 700 pessoas também ficaram feridas na operação de sábado.
As Nações Unidas e outras instituições e peritos internacionais, bem como as autoridades palestinianas da Cisjordânia - rivais do Hamas - afirmam que o Ministério de Gaza há muito que faz um esforço de boa-fé para contabilizar os mortos nas condições mais difíceis.
O principal responsável pelos negócios estrangeiros da UE afirmou que "o banho de sangue deve terminar imediatamente".
A operação nas profundezas do centro de Gaza foi a maior operação de salvamento desde 7 de outubro, quando o Hamas e outros militantes atravessaram a fronteira, matando cerca de 1200 pessoas e fazendo cerca de 250 reféns.
Em Gaza, os médicos descreveram cenas de horror e caos à medida que os feridos afluíam aos hospitais mais próximos, que já se debatiam para tratar os feridos de dias de fortes ataques israelitas na zona.
"Tivemos toda a gama de ferimentos de guerra, ferimentos traumáticos, desde amputações a eviscerações, traumatismos, TCEs (traumatismos crânio-encefálicos), fracturas e, obviamente, grandes queimaduras", disse Karin Huster dos Médicos Sem Fronteiras, uma instituição de caridade internacional que trabalha no Hospital dos Mártires de Al-Aqsa, uma das instalações que recebeu mortos e feridos.
"Crianças completamente cinzentas ou brancas devido ao choque, queimadas, a gritar pelos pais. Muitos deles não estão a gritar porque estão em choque".
Uma série de fotografias tiradas pela Associated Press mostrou a extensão da destruição de edifícios na zona por parte de Israel, bem como alguns dos feridos, incluindo crianças.